Jonathan Dos Santos lleva dos temporadas consecutivas sin poder demostrar todo lo que prometía en sus años en el fútbol formativo. Fue uno de los favoritos en elBarça B de Luis Enrique, conectaba a las mil maravillas en el filial con los hermanos Alcántara, Rafinha y Thiago, con los que tenía una gran complicidad tanto dentro como fuera de los terrenos de juego y Guardiola le escogió, junto a sus compañeros Bartra y Montoya, para que formase parte de la plantilla del primer equipo. Pep veía al centrocampista como un tipo de 4 clásico de los que se construyen en Masía.

En su primera temporada, totalmente integrado en la disciplina del primer equipo tras dejar atrás su etapa formativa, apenas contó para Tito Vilanova: en Liga participó en tres encuentros, sumando un total de 60 minutos y en Copa disputó 121 minutos, en otras tres apariciones. Aún así, el canterano decidió quedarse, prometiendo esforzarse más para ganarse minutos pero sus esfuerzos fueron en vano. A la llegada de Tata Martino, el panorama no mejoró y al cierre de la presente campaña sus números son aún más desalentadores si cabe.